4 stycznia 2017 roku odbył się pogrzeb prof. Aleksandra Koja - wybitnego uczonego, trzykrotnego rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego, współtwórcy Wydziału Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ, jednego z inicjatorów powstania Kampusu 600-lecia Odnowienia Uniwersytetu Jagiellońskiego.

Mszę świętą żałobną w kolegiacie św. Anny odprawił bp Grzegorz Ryś, który podkreślił w trakcie homilii, że prof. Aleksander Koj "całe życie szukał prawdy i tą prawdą żył". Na zakończenie kazania przywołana została przemowa, którą prof. Koj wygłosił jako rektor w czasie spotkania z papieżem Janem Pawłem II w 1997 r., a której treść, zawierająca pytanie o zakres odpowiedzialności uniwersytetu za otaczający świat, brzmi niezwykle aktualnie również dzisiaj.  

- Zapalamy świece i pochylamy głowy. Towarzyszymy w ostatniej drodze naszemu współpracownikowi i przyjacielowi, wybitnemu naukowcowi - tymi słowami zwrócił się do zebranych rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego prof. Wojciech Nowak. Przypomniał on zasługi zmarłego na polu badawczym, dydaktycznym i organizacyjnym, podkreślając m.in. jego międzynarodową renomę naukową oraz rolę, którą odegrał w budowaniu autonomii Uniwersytetu Jagiellońskiego i całego szkolnictwa wyższego w Polsce w trudnym okresie transformacji.

Dorobek naukowy prof. Aleksandra Koja oraz jego zasługi dla obecnego Wydziału Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii przedstawił zebranym dziekan tej jednostki prof. Zbigniew Madeja. Podkreślił on m.in., że Wydział w dużej mierze zawdzięcza prof. Kojowi swój dzisiejszy kształt zarówno lokalowy jak i naukowy. - Zapamiętamy go jako człowieka niezwykle pracowitego, oddanego powierzonym mu obowiązkom i przekazywaniu swojej ogromnej wiedzy, a przy tym niezwykle skromnego. Na co dzień wskazującego nam, jak można czerpać radość i satysfakcję z nauki - powiedział.

Zmarłego wspomnieli również w swoich wystąpieniach prof. Jerzy Woźnicki, który przypomniał jego zasługi jako współzałożyciela i pierwszego przewodniczącego Konferencji Rektorów Akademickich Szkół Polskich oraz prof. Franciszek Ziejka, który podkreślił, że prof. Koj był przede wszystkim człowiekiem pełnym pasji, z którą w równym stopniu oddawał się działalności naukowej jak i organizacyjnej.

Po nabożeństwie urna z prochami prof. Aleksandra Koja została odprowadzona na miejsce wiecznego spoczynku w Alei Zasłużonych na cmentarzu Rakowickim. W ostatniej drodze uczonemu towarzyszyły setki osób, w tym liczni przedstawiciele społeczności akademickiej Krakowa oraz innych polskich ośrodków uniwersyteckich, a także władz samorządowych.