W środę 19 października 2016 roku w siedzibie Instytutu Judaistyki UJ przy ulicy Józefa 19 odbyła się inauguracja obchodów 30-lecia studiów żydowskich na Uniwersytecie Jagiellońskim. Utworzony 1 września 1986 roku z inicjatywy ówczesnego rektora UJ prof. Józefa A. Gierowskiego Międzywydziałowy Zakład Historii i Kultury Żydów w Polsce był pierwszym ośrodkiem zajmującym się tą tematyką w kraju.

Wśród zgromadzonych gości znaleźli się przedstawiciele władz UJ oraz społeczności akademickiej, pracownicy Instytutu Judaistyki, doktoranci, studenci, osoby związane z rozwojem studiów żydowskich na UJ, a także reprezentanci społeczności żydowskiej w Krakowie. W Instytucie Judaistyki UJ uczestników wydarzenia przywitał dyrektor Instytutu Judaistyki dr hab. Michał Galas. Następnie głos zabrał rektor UJ prof. Wojciech Nowak. Podkreślił, że tak jak cały krakowski Kazimierz, również i Instytut Judaistyki bardzo rozwinął się od jego początków w latach 80., i pogratulował wszystkim jego dobroczyńcom oraz pracownikom ogromu pracy, jaki włożyli w rozwój swojej dyscypliny naukowej. Wyrazy uznania wobec dorobku instytutu wyraził również w swoim wystąpieniu dziekan Wydziału Historycznego prof. Jan Święch. Oficjalną część inauguracji zamknęli dr Edyta Gawron oraz dr hab. Michał Galas, przedstawiając prezentację zatytułowaną „Od Międzywydziałowego Zakładu Historii i Kultury Żydów do Instytutu Judaistyki”.

Wykłady z historii Żydów zaczęto wprowadzać do zajęć na Uniwersytecie Jagiellońskim już na początku lat 80. W czerwcu 1986 roku z inicjatywy ówczesnego rektora prof. Józefa A. Gierowskiego Senat UJ przyjął uchwałę o utworzeniu na uniwersytecie ośrodka studiów nad Żydami w Polsce. Dzięki tej decyzji 1 września 1986 roku rozpoczął działalność Międzywydziałowy Zakład Historii i Kultury Żydów w Polsce, którym do 1998 roku kierował sam prof. Gierowski. Był to pierwszy tego typu ośrodek w kraju. W 2000 roku zakład przekształcono w Katedrę Judaistyki, będącą częścią Wydziału Historycznego. Uniwersytet Jagielloński jako pierwszy wprowadził w Polsce studia magisterskie w zakresie historii o specjalności judaistyka. Przeniesienie Katedry Judaistyki do Collegium Kazimierzowskiego, w sercu dawnej dzielnicy żydowskiego na Kazimierzu, otworzyło nowe możliwości dla działalności jednostki i współpracy z lokalnymi instytucjami.

W 2012 roku katedrę przekształcono w Instytut Judaistyki, co stało się możliwe dzięki rozwojowi kadry naukowej. W tym samym roku wprowadzono studia licencjackie i magisterskie w zakresie judaistyki, jedyna dotychczas takie studia w Polsce. Rozwój kadry naukowej oraz międzynarodowy prestiż sytuują Instytut Judaistyki Uniwersytetu Jagiellońskiego w grupie najważniejszych tego typu placówek w Europie. Świadczy o tym między innymi fakt powierzenia funkcji prezydenta European Association for Jewish Studies prof. Edwardowi Dąbrowie i funkcji skarbnika tejże organizacji dr. hab. Michałowi Galasowi. Instytut Judaistyki UJ jest również organizatorem Kongresu EAJS w 2018 roku w Krakowie.