W najbliższy poniedziałek Kraków dołączy do corocznego MetaSUB global City Sampling Day. Akcja ma na celu zebranie wymazów z mikrobiologicznymi "odciskami palców" przestrzeni miejskiej z powierzchni użytkowych w otoczeniu transportu publicznego. Krajowym koordynatorem wydarzenia jest dr hab. inż. Paweł Łabaj z Małopolskiego Centrum Biotechnologii UJ.
Global City Sampling Day (gCSD) to doroczny projekt, w którym w tym samym dniu na całym świecie naukowcy, badacze, studenci i inni przeszkoleni obywatele wyruszają w przestrzeń miejską w celu zebrania próbek środowiskowych w postaci wymazów pobranych z miejsc, takich jak przystanki komunikacji miejskiej, biletomaty, tramwaje czy metro oraz z powietrza. Następnie są one sekwencjonowane i analizowane w celu opracowania mapy metagenomicznej określającej społeczności mikroorganizmów. Dane te są szczególnie pomocne w zrozumieniu interakcji człowieka ze światem drobnoustrojów w miastach. Wyniki z obecnej edycji mogą być szczególnie ciekawe ze względu na możliwość obecności w przestrzeniach publicznych wirusa SARS-CoV-2.
By zebrać próbki na tak ogromną skalę, projekt gCSD opiera się w dużej mierze na członkach MetaSUB International Consortium oraz sponsorach zapewniających niezbędne materiały. Inicjatorem i głównym organizatorem gCSD w Krakowie jest dr hab. inż. Paweł Łabaj z Małopolskiego Centrum Biotechnologii, który jest jednocześnie zarówno krajowym koordynatorem konsorcjum MetaSUB, jak i współzałożycielem stowarzyszenia MetaSUB Europe.
Kraków jest pierwszym miastem w Polsce biorącym udział w akcji obok kilkudziesięciu innych z całego świata, w tym m.in. Nowego Jorku, Berlina, Hong Kongu, Tokio czy Buenos Aires. Projekt nie byłby możliwy bez czynnej współpracy z przedstawicielami miasta oraz krakowskimi przedsiębiorstwami - Zarządem Transportu Publicznego i Miejskim Przedsiębiorstwem Komunikacyjnym.
W najbliższy poniedziałek wolontariuszy pobierających wymazy spotkamy na trasach linii tramwajowych 52, 50 i 14. Z kolei próbki zebrane próbnikiem powietrza zostaną pozyskane w tunelach w okolicy Dworca Głównego. Lokalizacje zostały wybrane na podstawie obciążania dobowego ruchu, przebiegu tras linii tramwajowych oraz położenia względem miejsc, w okolicy których można spodziewać się większej bioróżnorodności organizmów. Zebrane próbki i dane z nich wytworzone będą oceniane w kontekście wyników otrzymanych z próbek z ponad 50 środowisk miejskich ze wszystkich kontynentów.
Mapa lokalizacji pobierania próbek: a) przebieg linii tramwajowych (linia czerwona - 52, linia zielona - 14, flinia fioletowa - 50), przystanków i pętli (niebieskie koła) wzdłuż tras wytypowanyc jako miejsca zbierania próbek oraz okolica Dworca Głównego, w której próbki zebrane zostaną z powietrza za pomocą specjalnych urządzeń (mapa ciepła); b) miejsca pobrania próbek z powietrza w tunelach w pobliżu Dworca Głównego (mapa ciepła).
W ciągu ostatnich kilku lat praca badaczy konsorcjum MetaSUB pokazała między innymi specyficzność gatunkową niektórych obszarów miast, w tym pozwoliła na wykrycie nowych społeczności i składników środowiska, mikrobiologiczną skalę zdarzeń środowiskowych, aplikowalność w kryminalistce oraz w oznaczaniu obecności szczepów/patogenów lekoopornych (więcej na ten temat tutaj). Ponadto w artykule współautorstwa m.in. prof. Wojciecha Branickiego i dr. inż. Pawła Łabaja, który ukazał się na łamach "Preprints", omówiono istniejące narzędzia dochodzeniowo-śledcze wykorzystujące materiał (meta-)genetyczny w kryminalistyce. Chociaż istnieje duże zainteresowanie i potencjał dla tych powstających narzędzi kryminalistycznych, przed ich wdrożeniem należy ustalić najlepsze praktyki i zakresy referencyjne. Staje się to możliwe wraz z konkursem bioinformatycznym CAMDA Metagenomic Geolocation Challenge, w którym uczestnicy jako materiał konkursowy otrzymują bazę tysięcy sekwencji kodu genetycznego pochodzących z wielu gCSD, stanowiącą unikalne źródło badań nad bioróżnorodnością w obrębie i pomiędzy lokalizacjami geograficznymi, a także niszami ekologicznymi.
