Studia podyplomowe przeznaczone są dla osób legitymujących się dyplomem ukończenia studiów wyższych, zarówno pierwszego, jak i drugiego stopnia, a także jednolitych magisterskich. Uniwersytet Jagielloński prowadzi studia podyplomowe na 14 wydziałach, a także w Medycznym Centrum Kształcenia Podyplomowego UJ. Postępowanie rekrutacyjne toczy się z reguły w okresie od kwietnia do września.

Wszechnica UJ działa na rynku szkoleniowo-doradczym od 2005 r. Została stworzona przez Uniwersytet Jagielloński jako centrum upowszechniające praktyczne, biznesowe i profesjonalne zastosowania nauk społecznych. Wszechnica UJ jest partnerem rozwojowym dla organizacji, które traktują kompetencje pracowników jako kluczowe źródło przewagi konkurencyjnej. Świadczy kompleksowe usługi szkoleniowo-doradcze.

JCJ oferuje kursy ogólnodostępne z dwunastu języków obcych adresowane do studentów, kadry dydaktycznej i administracyjnej UJ oraz słuchaczy dorosłych spoza Uniwersytetu.