Biblioteka Jagiellońska dzięki bogatemu zasobowi druków polskich uznawana jest za bibliotekę narodową. Obecnie pieczołowicie kompletuje i archiwizuje wszystkie druki polskie wydane w kraju i za granicą. Biblioteka gromadzi również zagraniczną literaturę naukową z zakresu dziedzin będących przedmiotem badań i nauczania na uniwersytecie. Szczególnie dba o pozyskiwanie literatury naukowej dotyczącej takich dziedzin, jak kulturoznawstwo, językoznawstwo, literaturoznawstwo, sztuka i religioznawstwo.

Biblioteka Medyczna udostępnia literaturę z zakresu medycyny i nauk pokrewnych, takich jak biologia, chemia, psychologia. Zbiory te gromadzone są w oparciu o potrzeby naszych użytkowników, którymi są głównie studenci i pracownicy naukowi uczelni, jak również inni pracownicy służby zdrowia.

Lista bibliotek wydziałowych i instytutowych.

Archiwum UJ to jedno z najstarszych i największych archiwów uniwersyteckich na świecie. Jego zbiory liczą pięć tysięcy mb. akt i dokumentują nieprzerwaną, żywą działalność uniwersytetu na przestrzeni przeszło sześciu wieków. Instytucja działająca w tak długim okresie podlegała wstrząsom i przemianom zgodnym z rytmem historii Polski.

Jagiellońska Biblioteka Cyfrowa to uruchomiona w 2010 r. dzięki środkom europejskim platforma, na której publikowane są cyfrowe kopie dzieł ze zbiorów Biblioteki Jagiellońskiej, a także innych bibliotek Uniwersytetu Jagiellońskiego. Obecnie w JBC dostępnych jest ponad 250 000 publikacji. W domenie publicznej udostępniono tam unikatowe dzieła rękopiśmienne i starodruczne, a także te publikacje, które ze względu na stan zachowania zostały wyłączone z udostępniania tradycyjnego.
W JBC publikowane są również współczesne prace naukowe, które z uwagi na prawa autorskie dostępne są na terminalach w BJ.