Przejdź do głównej treści

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Wiadomości

Nawigacja okruszkowa Nawigacja okruszkowa

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

"Chemical Science" donosi o badaniach naukowych chemików z UJ

"<span lang="en">Chemical Science</span>" donosi o badaniach naukowych chemików z UJ

Na łamach flagowego czasopisma wydawnictwa The Royal Society of Chemistry - Chemical Science, ukazała się praca "Mining anion–aromatic interactions in the Protein Data Bank", której współautorami są Emilia Kuźniak-Glanowska i dr hab. Robert Podgajny, prof. UJ z Zespołu Nieorganicznych Materiałów Molekularnych Wydziału Chemii UJ. Artykuł powstał w ramach realizacji interdyscyplinarnego programu studiów doktoranckich InterDokMed.

Zespół projektowy pod kierunkiem dr. hab. Roberta Podgajnego, prof. UJ i Andrzeja Bojarskiego z Instytutu Farmakologii PAN dokonał kompleksowego przeglądu bazy danych strukturalnych Protein Data Bank (PDB) pod kątem statystycznej lokalizacji anionów względem ogółu 5- i 6-członowych pierścieni aromatycznych oraz ich wzajemnych oddziaływań. W efekcie prac wyróżniono 3 odrębne obszary akumulacji anionów względem pierścienia oraz wykonano porównawczy opis preferencji obsadzenia tych obszarów przez różne ugrupowania anionowe. Dokonano też szczegółowej analizy sekwencji i struktury drugorzędowej, m.in. w pętlach GNRA oraz w strukturach helikalnych RNA i białek.

Uzyskane wyniki stanowią istotny przyczynek do rozwoju procedur systematycznej analizy danych PDB w kontekście aktywności biologicznej molekuł. Jako czysto praktyczny wynik badań opracowano, przetestowano i udostępniono bezpłatnie pod adresem github.com nowe źródło kodu do przeglądu bazy PDB.

Przeszukiwanie i analiza danych PDB zostały sfinansowane w ramach projektu nr POWR.03.02.00-00-I013/16 oraz wsparte ze środków Infrastruktury PLGrid. Artykuł "Mining anion–aromatic interactions in the Protein Data Bank" jest dostępny na stronie pubs.rsc.org.

Polecamy również
Jak chemioterapia wpływa na układ krążenia kobiet z rakiem piersi?
Jak chemioterapia wpływa na układ krążenia kobiet z rakiem piersi?
Srebrny medal "<span lang="la">Plus ratio quam vis</span>" dla prof. Tomasza Grodzickiego
Srebrny medal "Plus ratio quam vis" dla prof. Tomasza Grodzickiego
Krakowscy rektorzy stanowczo za małopolską uchwałą antysmogową
Krakowscy rektorzy stanowczo za małopolską uchwałą antysmogową
WPiA UJ tym razem najlepszy w rankingu "Rzeczpospolitej"
WPiA UJ tym razem najlepszy w rankingu "Rzeczpospolitej"

Widok zawartości stron Widok zawartości stron