Jednostki administracyjne podległe Rektorowi

• Biuro Rektora
• Biuro Prasowe UJ
• Zespół Radców Prawnych UJ
• Sekcja ds. Audytu Wewnętrznego
• Sekcja Ochrony Informacji Niejawnych i Spraw Obronnych
• Redakcja miesięcznika Uniwersytetu Jagiellońskiego "Alma Mater"
• Zespół ds. majątku muzealnego Uniwersytetu Jagiellońskiego
• Biuro Pełnomocnika Rektora UJ ds. współpracy w ramach Una Europa
• Biuro Pełnomocnika Rektora UJ ds. projektów strategicznych

Jednostki administracyjne podległe Prorektorowi ds. Collegium Medicum

• Dział Spraw Osobowych CM
• Zespół Radców Prawnych CM
• Uniwersyteckie Podmioty Lecznicze
• Inspektorat BHP CM
• Stanowisko ds. Ochrony Przeciwpożarowej CM
• Stanowisko ds. Ochrony Danych Osobowych CM
• Jednostki wspólne UJ i CM
  • Sekcja ds. Audytu Wewnętrznego
  • Sekcja Ochrony Informacji Niejawnych i Spraw Obronnych

Jednostki podległe Prorektorowi ds. współpracy międzynarodowej

• Biuro Prorektora ds. Współpracy Międzynarodowej
• Dział Współpracy Międzynarodowej
• Dział ds. Osób Niepełnosprawnych
• Biuro Sportu
• Biuro Projektu ZintegrUJ
• Zespoły artystyczne (Chór Akademicki UJ Camerata Jagellonica, Zespół Pieśni i Tańca "Słowianki")

Jednostki administracyjne podległe Prorektorowi ds. dydaktyki

• Biuro Prorektora ds. Dydaktyki
• Centrum Wsparcia Dydaktyki
• Dział Infrastruktury Sieciowej
• Dział Usług Informatycznych
• Sekcja ds. Portalu Uniwersyteckiego
• Biuro Projektu "Doskonały Uniwersytet"

Jednostki administracyjne podległe Prorektorowi ds. rozwoju

• Biuro Prorektora ds. Rozwoju
• Biuro Analiz Instytucjonalnych i Raportowania

Jednostki administracyjne podległe Prorektorowi ds. polityki kadrowej i finansowej

• Biuro Prorektora ds. Polityki Kadrowej i Finansowej
• Dział Socjalny
• Dział Spraw Osobowych
• Dział Zamówień Publicznych

Jednostki administracyjne podległe Prorektorowi ds. badań naukowych

• Biuro Prorektora ds. Badań Naukowych
• Centrum Administracyjnego Wsparcia Projektów

Jednostki administracyjne podległe Kanclerzowi

• Biuro Kanclerza
• Dział Inwentaryzacji Ciągłej
• Dział Organizacji
• Centrum Promocji i Komunikacji
• Dział Zaopatrzenia
• Inspektorat BHP
• Inspektorat Ochrony Przeciwpożarowej
• Pracownicza Kasa Zapomogowo-Pożyczkowa
• Sekcja Straży Rektorskiej
• Stanowisko ds. bezpieczeństwa
• Studencki Ośrodek Wsparcia i Adaptacji
• Dział ds. Bezpieczeństwa i Równego Traktowania – Bezpieczni UJ

Jednostki administracyjne podległe Zastępcy Kanclerza ds. administrowania nieruchomościami

• Biuro Zastępcy Kanclerza ds. administrowania nieruchomościami
• Dział Administracji Kampusu 600-lecia Odnowienia UJ
• Dział Administrowania Nieruchomościami

Jednostki administracyjne podległe Zastępcy Kanclerza ds. techniczno-inwestycyjnych

• Biuro Zastępcy Kanclerza ds. techniczno-inwestycyjnych
• Dział Eksploatacji
• Dział Remontów
• Dział Inwestycji Budowlanych
• Sekcja Telekomunikacyjna

Jednostki administracyjne podległe Zastępcy Kanclerza ds. Collegium Medicum

• Dział Organizacji i Promocji CM
• Dział Zamówień Publicznych CM
• Ośrodek Komputerowy CM
• Dział Zaopatrzenia CM
• Dział Zarządzania Majątkiem CM
• Dział Inwestycji, Remontów i Eksploatacji CM

Jednostki administracyjne podległe Kwestorowi

• Biuro Kwestora
• Stanowisko ds. analiz i sprawozdań finansowych
• Dział Budżetowania, Kontrolingu i Analiz
• Sekcja ds. Podatków
• Zastępca Kwestora ds. finansowych
  • Dział Finansowy
  • Sekcja ds. Weryfikacji i Kontroli
• Zastępca Kwestora ds. rachunkowości
  • Dział Ewidencji Majątku
  • Dział Księgowości
  • Dział Rozliczeń Projektów Krajowych
• Zastępca Kwestora ds. funduszy strukturalnych i programów międzynarodowych
  • Dział Rozliczeń Projektów Strukturalnych
  • Dział Rozliczeń Projektów Zagranicznych

Jednostki administracyjne podległe Zastępcy Kwestora ds. Collegium Medicum

• Dział Finansowy i Ewidencji Majątku CM
• Dział Księgowości i Rozliczeń CM