Jednostki administracyjne podległe Rektorowi
- Biuro Rektora
- Biuro Prasowe UJ
- Biuro Pełnomocnika Rektora UJ ds. prawnych
- Biuro Pełnomocnika Rektora UJ ds. internacjonalizacji
- Sekcja ds. Audytu Wewnętrznego
- Sekcja Ochrony Informacji Niejawnych i Spraw Obronnych
- Redakcja miesięcznika Uniwersytetu Jagiellońskiego "Alma Mater"
- Biuro Analiz Instytucjonalnych i Raportowania
- Zespół Monitorowania Wdrażania Strategii
- Zespół ds. majątku muzealnego Uniwersytetu Jagiellońskiego
Jednostki administracyjne podległe Prorektorowi ds. polityki kadrowej i finansowej
- Biuro Prorektora ds. Polityki Kadrowej i Finansowej
- Dział Spraw Osobowych
- Dział Socjalny
- Stanowisko ds. Kontroli Wewnętrznej
- Chór Akademicki Uniwersytetu Jagiellońskiego Camerata Jagellonica
- Zespół Pieśni i Tańca „Słowianki”
Jednostki administracyjne podległe Prorektorowi ds. badań naukowych i funduszy strukturalnych
- Biuro Prorektora ds. Badań Naukowych i Funduszy Strukturalnych
- Dział Współpracy Międzynarodowej
- Centrum Administracyjnego Wsparcia Projektów
Jednostki administracyjne podległe Prorektorowi ds. dydaktyki
- Biuro Prorektora ds. Dydaktyki
- Centrum Wsparcia Dydaktyki
- Dział Infrastruktury Sieciowej
- Dział Usług Informatycznych
- Sekcja ds. Portalu Uniwersyteckiego
Jednostki administracyjne podległe Prorektorowi ds. rozwoju
- Biuro Prorektora ds. Rozwoju
- Dział Zamówień Publicznych
- Dział ds. Osób Niepełnosprawnych
- Stanowisko ds. analiz strategicznych
- Biuro Sportu
- Biuro Projektu ZintegrUJ
Jednostki administracyjne podległe Prorektorowi ds. Collegium Medicum
- Sekcja ds. Dydaktyki i Karier Akademickich CM
- Dział Administracyjnego Wsparcia Projektów i Współpracy Międzynarodowej CM
- Dział Kliniczny CM
- Dział Spraw Osobowych CM
- Zespół Radców Prawnych CM
- Dział ds. Realizacji Inwestycji „Nowa siedziba Szpitala Uniwersyteckiego Kraków-Prokocim” CM
- Uniwersyteckie Podmioty Lecznicze
- Jednostki wspólne UJ i CM
Jednostki administracyjne podległe Kanclerzowi
- Biuro Kanclerza
- Dział Inwentaryzacji Ciągłej
- Dział Organizacji
- Dział Promocji
- Dział Zaopatrzenia
- Inspektorat BHP
- Inspektorat Ochrony Przeciwpożarowej
- Pracownicza Kasa Zapomogowo-Pożyczkowa
- Sekcja Straży Rektorskiej
- Stanowisko ds. bezpieczeństwa
Jednostki administracyjne podległe Zastępcy Kanclerza ds. administrowania nieruchomościami
- Biuro Zastępcy Kanclerza ds. administrowania nieruchomościami
- Dział Administracji Kampusu 600-lecia Odnowienia UJ
- Dział Administrowania Nieruchomościami
Jednostki administracyjne podległe Zastępcy Kanclerza ds. techniczno-inwestycyjnych
- Biuro Zastępcy Kanclerza ds. techniczno-inwestycyjnych
- Dział Eksploatacji
- Dział Remontów
- Dział Inwestycji Budowlanych
- Sekcja Telekomunikacyjna
Jednostki administracyjne podległe Zastępcy Kanclerza ds. Collegium Medicum
- Dział Organizacji i Promocji CM
- Dział Zamówień Publicznych CM
- Ośrodek Komputerowy CM
- Dział Zaopatrzenia CM
- Dział Zarządzania Majątkiem CM
- Dział Inwestycji, Remontów i Eksploatacji CM
Jednostki administracyjne podległe Kwestorowi
- Biuro Kwestora
- Stanowisko ds. analiz i sprawozdań finansowych
- Dział Budżetowania, Kontrolingu i Analiz
- Sekcja ds. Podatków
- Zastępca Kwestora ds. finansowych
- Zastępca Kwestora ds. rachunkowości
- Zastępca Kwestora ds. funduszy strukturalnych i programów międzynarodowych