Muzeum Wydziału Lekarskiego UJ szczyci się najstarszą metryką wśród muzeów poświęconych naukom medycznym w Polsce i pozostaje jednym najstarszych muzeów medycznych w Europie. Powstało ono dzięki marzeniu, wizji i determinacji Walerego Jaworskiego (1849-1924), profesora chorób wewnętrznych, który potrafił dostrzec wartość w podtrzymaniu pamięci i wiedzy o minionych pokoleniach lekarzy. Jego inicjatywie zawdzięczamy fakt, że dnia 27 kwietnia 1900 roku na posiedzeniu Wydziału Lekarskiego UJ podjęto uchwałę o powstaniu "Muzeum Historycznego dla Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Jagiellońskiego".

W tamtym czasie zbiory nie miały jednak stałej ekspozycji. Dopiero w roku 1990 przekazano na potrzeby Muzeum kilka pomieszczeń znajdujących się na parterze Domu Towarzystwa Lekarskiego Krakowskiego przy ulicy Radziwiłłowskiej 4. 16 czerwca 1992 roku rektor Akademii Medycznej prof. Andrzej Szczeklik dokonał uroczystego otwarcia muzeum, kończąc tym samym blisko wiekową tułaczkę przedmiotów, z których większość związana jest z dziejami lekarskimi w Krakowie.

Muzealne zbiory obejmują starodruki, rękopisy, dokumenty, medale, odlewy gipsowe, mulaże, narzędzia i portrety.

Historia Muzeum opisana jest na stronie Katedry Historii Medycyny UJ CM.