Na łamach flagowego czasopisma wydawnictwa The Royal Society of Chemistry - Chemical Science, ukazała się praca "Mining anion–aromatic interactions in the Protein Data Bank", której współautorami są Emilia Kuźniak-Glanowska i dr hab. Robert Podgajny, prof. UJ z Zespołu Nieorganicznych Materiałów Molekularnych Wydziału Chemii UJ. Artykuł powstał w ramach realizacji interdyscyplinarnego programu studiów doktoranckich InterDokMed.
Zespół projektowy pod kierunkiem dr. hab. Roberta Podgajnego, prof. UJ i Andrzeja Bojarskiego z Instytutu Farmakologii PAN dokonał kompleksowego przeglądu bazy danych strukturalnych Protein Data Bank (PDB) pod kątem statystycznej lokalizacji anionów względem ogółu 5- i 6-członowych pierścieni aromatycznych oraz ich wzajemnych oddziaływań. W efekcie prac wyróżniono 3 odrębne obszary akumulacji anionów względem pierścienia oraz wykonano porównawczy opis preferencji obsadzenia tych obszarów przez różne ugrupowania anionowe. Dokonano też szczegółowej analizy sekwencji i struktury drugorzędowej, m.in. w pętlach GNRA oraz w strukturach helikalnych RNA i białek.
Uzyskane wyniki stanowią istotny przyczynek do rozwoju procedur systematycznej analizy danych PDB w kontekście aktywności biologicznej molekuł. Jako czysto praktyczny wynik badań opracowano, przetestowano i udostępniono bezpłatnie pod adresem github.com nowe źródło kodu do przeglądu bazy PDB.
Przeszukiwanie i analiza danych PDB zostały sfinansowane w ramach projektu nr POWR.03.02.00-00-I013/16 oraz wsparte ze środków Infrastruktury PLGrid. Artykuł "Mining anion–aromatic interactions in the Protein Data Bank" jest dostępny na stronie pubs.rsc.org.
