Opublikowany w zeszłym tygodniu artykuł o monitorowaniu wirusa SARS-CoV-2 przez naukowców z Małopolskiego Centrum Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego (MCB UJ) przy współpracy Miasta Krakowa wpisuje się w globalny projekt obserwowania obecności koronawirusa w przestrzeni miejskiej. Działania koordynowane są przez konsorcjum MetaSUB i zostały szeroko omówione przez prestiżowy magazyn "Wired".
Kraków jest jednym z 17 miast pilotażowych wymienionych w artykule Microbe Mappers Are Tracking Covid-19's Invisible Traces, które rozpoczęły zbieranie wymazów z miejsc publicznych w lutym i marcu. Pod Wawelem próbki były zbierane zarówno do lokalnego projektu pilotażowego, którego wyniki zostały ostatnio opublikowane, jak i do globalnego MetaSUB. Zebrany materiał został przesłany do nowojorskiego laboratorium prof. Chrisa Masona do analizy i dołączył do ponad 3 tys. próbek z pozostałych miast.
W najbliższym czasie naukowcy z MCB UJ wraz z partnerami z konsorcjum MetaSUB przystąpią do szczegółowej analizy otrzymanych danych. Celem pobierania wymazów i ich sekwencjonowania jest m.in. zrozumienie dynamiki przenoszenia wirusa w przestrzeniach miejskich. Wiedza ta może pomóc urzędnikom miejskim w podejmowaniu decyzji z zakresu ochrony obywateli we wczesnych stadiach epidemii.
Dr hab. inż. Paweł Łabaj, kierownik Grupy Bioinformatyki, jest krajowym koordynatorem międzynarodowego konsorcjum MetaSUB jak i współzałożycielem stowarzyszenia MetaSUB Europe. Konsorcjum buduje profile molekularne miast na całym świecie, skupiając się na systemach transportu publicznego, które stanowią zogniskowaną przestrzeń interakcji ludzi. Niewiele wiadomo o dynamice mikrobiomu i metagenomu na zlokalizowanych tam powierzchniach wspólnego użytku, takich jak biletomaty czy uchwyty w pojazdach, a interakcje z tymi powierzchniami mogą wpływać na zdrowie jednostek, w tym również kondycję miast.
Główną publiczną aktywnością konsorcjum MetaSUB jest coroczna akcja zbierania próbek, głównie z systemów komunikacji miejskiej w pierwszy dzień lata (global City Sampling Day). Obecnie w tym wydarzeniu bierze udział ponad 100 metropolii z całego świata. W tym roku dołączy do niego Kraków.
