Zespół naukowców z Małopolskiego Centrum Biotechnologii UJ, koordynowany przez prof. Krzysztofa Pyrcia, zakończył realizację projektu monitorowania zmienności genetycznej wirusa SARS-CoV-2. Reprezentatywne dla całego kraju próbki były gromadzone i analizowane we współpracy z GIS oraz laboratoriami diagnostycznymi firmy Diagnostyka. W zakresie usług sekwencjonowania projekt wspierały laboratoria firm Diagtron Laboratoria Łukasz Rąbalski oraz genXone SA.
Uzyskane informacje posłużyły do lepszego zrozumienia wydarzeń w kraju, ale również do rozszerzenia analiz prowadzonych na całym świecie i uwzględnienia w nich Polski. Wszystkie dane były przekazywane bezpośrednio do stron: Agencji Badań Medycznych, Ministerstwa Zdrowia oraz udostępniane dla wszystkich zainteresowanych poprzez bazę danych GisAid oraz wizualizacje na stronie sarswpolsce.pl.
W krakowskim ośrodku prace nad sekwencjonowaniem i monitorowaniem zmienności wirusa podjęto już na początku 2020 roku, kiedy to jako jeden z pierwszych ośrodków rozpoczął analizę zmienności genetycznej wirusa oraz analizy pozwalające na ocenę powiązań pomiędzy genotypem i fenotypem.
W ramach projektu zebrano w sumie 9558 próbek zawierających wirusa SARS-CoV-2, które po wstępnej ocenie posłużyły do uzyskania 8337 sekwencji wirusa. Dzięki sprawnej organizacji oraz optymalizacji kosztów udało się zrealizować założone cele, a liczba przeanalizowanych próbek przekroczyła zakładaną. W okresie monitoringu zaobserwowano obecność 132 odrębnych wariantów wirusa SARS-CoV-2, spośród których 97,5 proc. stanowiły warianty niebezpieczne. Największy odsetek, tj. 38,3 proc. wszystkich próbek stanowił wariant Delta. Było to bezpośrednio związane z okresem realizacji projektu, który obejmował głównie jesienną falę zakażeń. Dwa pozostałe najczęściej wykrywane warianty Alfa oraz Omikron stanowiły kolejno 37,7 proc. oraz 21,2 proc.
Projekt był realizowany w okresie 01.02.2021 - 31.04.2022 r. dzięki dofinansowaniu Agencji Badań Medycznych.
Zespół badawczy: prof. Krzysztof Pyrć (zarządzanie projektem i planowanie), prof. Wojciech Branicki (technologia sekwencjonowania oraz kontrola jakości), dr hab. inż. Paweł Łabaj (bioinformatyka), dr Natalia Mazur-Panasiuk (obieg informacji i materiałów). Wsparcie naukowe, techniczne i administracyjne: dr Tomasz Gromowski, Michał Kowalski, Witold Wydmański, Piotr Szulc, Sylwia Januszczak i Paulina Krzanowska.
