Na posiedzeniu Senatu Uniwersytetu Jagiellońskiego 30 listopada 2011 roku członkowie Senatu jednogłośnie poparli wniosek w sprawie wszczęcia postępowania o nadanie doktora honoris causa Uniwersytetu Jagiellońskiego ks. prof. Michałowi Hellerowi. O nadanie godności wnioskował Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej. Rada Wydziału zaproponowała, aby opinię na temat ks. prof. dr hab. Michała Hellera wydały Senat Uniwersytetu Warszawskiego, ze wskazaniem na prof. dr hab. Andrzeja Trautmana jako recenzenta oraz Senat Uniwersytetu Wrocławskiego ze wskazaniem na prof. dr hab. Romana Dudę jako recenzenta.

Ks. prof. dr hab. Michał Heller należy do najwybitniejszych współczesnych filozofów polskich. Dzięki gruntownemu wykształceniu przyrodniczemu, zwłaszcza w zakresie fizyki i kosmologii (jego doktorat dotyczył podstawowych problemów kosmologii relatywistycznej), filozoficznemu i teologicznemu objął swoimi zainteresowaniami badawczymi niezwykle obszerny i bogaty obszar. Ks. prof. dr hab. Michał Heller opublikował prawie 40 książek i kilkaset artykułów, w tym kilka w języku angielskim. Na szczególną uwagę zasługują monografie o ostatecznym wyjaśnianiu Wszechświata, która ukazała się w prestiżowym wydawnictwie Springer Verlag oraz praca zbiorowa o nieskończoności w różnych dyscyplinach, zredagowana przez M. Hellera wspólnie z wybitnym matematykiem amerykańskim H. Woodinem i wydana przez Cambridge University Press, także wydawnictwo nie potrzebujące dalszych rekomendacji.

Dorobek pisarski ks. prof. Hellera można podzielić wedle kilku kryteriów. Znajdujemy w nim pozycje ściśle naukowe i popularyzatorskie, monografie i podręczniki czy pozycje z różnych dziedzin filozofii i jej związków z naukami szczegółowymi i teologią. Oto kilka tytułów: "Ewolucja kosmosu i kosmologii" (1983), " Teoretyczne podstawy kosmologii. Wprowadzenie do globalnej struktury czasoprzestrzeni" (1988), "Dylematy ewolucji" (1990,
wspólnie z J. Życińskim), "Szczęście w przestrzeniach Banacha" (1995), "Kosmologia kwantowa" (2001), "Sens życia i sens Wszechświata. Studia z teologii współczesnej" (2002), "Filozofia przyrody. Zarys historyczny" (2004), "Granice kosmosu i kosmologii" (2005), "Ostateczne wyjaśnienie Wszechświata" (2008), "Filozofia nauki" (2008) i "Mechanika kwantowa dla filozofów" (2011, II wyd).

Kosmologia kwantowa jest głównym tematem badań ks. prof. Michała Hellera w materii przyrodoznawstwa. Stara się uzgodnić kwantowe i relatywistyczne modele kosmologiczne. Jest to jedno z podstawowych wyzwań współczesnych teorii Wszechświata. Drugą ważną dziedziną badań ks. prof. Hellera jest filozofia przyrody. Jego program w tej dziedzinie polega na wyprowadzaniu wniosków filozoficznych z podstawowych teorii fizyki, przede wszystkim teorii względności i mechaniki kwantowej. Można powiedzieć, że M. Heller kontynuuje krakowską tradycję filozofii przyrody sięgającą jeszcze początków XX w. Badania ks. prof. M. Hellera w zakresie filozofii przyrody opierają się na bardzo wyraźnych przesłankach metodologicznych. Uważa mianowicie, że Wszechświat ma charakter matematyczny (jest matematyczny) i jako taki tj. ze swej istoty podlega prawidłowościom wyrażalnym w języku matematyki. Teza ta, niekiedy zwana tezą Hellera usprawiedliwia poszukiwanie z jednej strony treści ontologicznych w nauce, a z drugiej strony treści naukowych w filozofii. Ks. prof. dr hab. Michał Heller zasłynął nie tylko w Polsce, ale i na szerokim forum międzynarodowym jako badacz relacji pomiędzy nauką a teologią. Zasadniczo uważa, że aczkolwiek obie te dziedziny są od siebie niezależne i mogą być uprawiane niezależnie od siebie, to jednak nic nie stoi na przeszkodzie, aby dokonywać ich syntezy np. w formie teorii tzw. Inteligentnego Projektu, idei dzisiaj bardzo popularnej zarówno w fizyce jak i teologii, a także w filozofii przyrody. Ks. prof. dr hab. M. Heller sformułował by tak rzec warunki brzegowe dla syntezy nauki i teologii i filozofii oraz teologii wobec nauki. Niezależnie od tego czy ktoś zgadza się z ks. prof. M. Hellerem w kwestii realnej możliwości syntezy nauki i teologii, nie sposób sobie wyobrazić dyskusję w tej kwestii bez rozpatrzenia argumentów jakie wysuwa on w swych pracach poświęconych temu tematowi> Dokonania ks. prof. Michała Hellera w tej dziedzinie znalazły wielkie uznanie, czego dowodem było przyznanie mu nagrody Templetona. Fakt ten został odnotowany w Biuletynie Amerykańskiego Towarzystwa Matematycznego, specjalnego czasopisma poświeconego międzynarodowemu życiu naukowemu w dziedzinie matematyki.

Prace ks. prof. Michała Hellera charakteryzują się niezwykłą kulturą historyczną. Zawsze stara się oświetlić zagadnienie od strony nie tylko systematycznej ale także historycznej i to z uwzględnieniem bardzo szerokiej perspektywy obejmującej rozwój nauki od antycznej Grecji i czasów najnowszych. Ks. prof. dr hab. Michał Heller przykłada też olbrzymia wagę do etosu nauki. Wielokrotnie pisał o zasadach moralnych obowiązujących w nauce, a także o pracy naukowej jako realizacji powołania. Jedna z jego prac nosi znamienny tytuł "czy fizyka jest nauką humanistyczną?" Nie wahał się udzielić odpowiedzi twierdzącej na to intrygujące pytanie, argumentując, że wartości odkrywane przez fizyków w świecie mają wyraźną komponentę humanistyczną.

Ks. prof. dr hab. M. Heller jest wybitnym organizatorem życia naukowego. Był jednym ze współzałożycieli Ośrodka Badań Interdyscyplinarnych, specjalnej placówki związanej najpierw z papieską Akademią Teologiczna w Krakowie, a potem z krakowskim Uniwersytetem Jana Pawła II. OBI odegrał olbrzymia rolę w integracji krakowskiego środowiska naukowego związanego z filozofią przyrody i filozofią nauki, a także w promowaniu stosownych badań naukowych. Ośrodek ten wielce zasłużył się w działalności wydawniczej, również kierowanej przez ks. prof. M. Heller. Jednakże największym osiągnięciem organizacyjnym ks. prof. M. Hellera jest stworzenie Centrum Kopernikańskiego afiliowanego przy Uniwersytecie Jagiellońskim. Ks. prof. Michał Heller przeznaczył na to Centrum Pieniądze ze wspomnianej Nagrody Templetona. I wreszcie trzeba wspomnieć, że ks. prof. M. Heller jest wybitnym nauczycielem akademickim. Wykształcił i wprowadził w Zycie naukowe całe grono uczniów kontynuujących jego program filozoficzny.

Ks. prof. Michał Heller jest członkiem polskiej Akademii Umiejętności i doktorem honoris causa Akademii Górniczo-Hutniczej im. S. Staszica w Krakowie. Przyznanie mu doktoratu honorowego Uniwersytetu Jagiellońskiego jest w pełni uzasadnione.