9 listopada 2016 r. na Uniwersytecie Jagiellońskim odbyła się konferencja, stanowiąca główną część obchodów XI Dni Jana Pawła II. Hasłem przewodnim tegorocznych wydarzeń było „Miłosierdzie”.
Na sympozjum w Auli Collegium Novum obecni byli m.in. rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego prof. Wojciech Nowak, przedstawiciele władz UJ i pozostałych uczelni organizujących Dni Jana Pawła II, arcybiskup metropolita krakowski kardynał Stanisław Dziwisz, arcybiskup Rino Fisichella – przewodniczący Papieskiej Rady ds. Nowej Ewangelizacji, biskupi Grzegorz Ryś, Jan Szkodoń i Stanisław Salaterski, a także przedstawiciele korpusu konsularnego. Na obrady przybyli również liczni studenci.
Uczestników konferencji przywitał rektor UJ prof. Wojciech Nowak. Zwrócił on uwagę na związek przewodniego tematu spotkania z trwającym Rokiem Miłosierdzia, ogłoszonym przez papieża Franciszka. Rektor przypomniał słowa obecnego papieża, według których głoszenie Bożego Miłosierdzia jest szczególnie potrzebne w kontekście realiów współczesnego świata, a także podkreślił, że analizowanie pracy i myśli Jana Pawła II, zwanego papieżem miłosierdzia doskonale wpisuje się w Rok Miłosierdzia, ogłoszony przez jego następcę. Prof. Wojciech Nowak życzył sobie i uczestnikom konferencji, żeby wspólnie pielęgnowali to, co w nauce papieża Polaka było najważniejsze i najtrwalsze.
Po rektorze głos zabrał kardynał Stanisław Dziwisz. Podkreślił on, że tegoroczne obchody Dni Jana Pawła II ściśle wiążą się zarówno z rokiem miłosierdzia, jak i z Dniami Młodzieży, które latem odbyły się w Krakowie. Zwrócił on również uwagę, że postać papieża-Polaka stanowi niegasnące źródło inspiracji: - Dni Jana Pawła II stały się okazją do poważnej i twórczej refleksji nad jego nauczaniem, a beneficjentem tych wydarzeń są również młodzi ludzie – kolejne pokolenie, któremu chcemy przekazać wielką spuściznę myśli naszego papieża. Przywitawszy uczestników w imieniu Kościoła krakowskiego, kardynał podziękował organizatorom konferencji, w tym Uniwersytetowi Jagiellońskiemu, zauważając, że współpraca w tym zakresie stanowi „symbol więzi łączącej Wszechnicę Jagiellońską z Janem Pawłem II”.
W kolejnych wystąpieniach, prelegenci mówili o różnych aspektach miłosierdzia w kontekście nauki papieża-Polaka. Bp dr hab. Grzegorz Ryś nakreślił historię podejścia do idei miłosierdzia w Kościele, koncentrując się na kwestii wykorzystania zasobów materialnych Kościoła do pomocy ubogim. Prof. Kazimierz Korus opowiedział o greckich źródłach idei miłosierdzia, natomiast ks. prof. Andrzej Witko zaprezentował postać Jana Pawła II jako papieża Bożego Miłosierdzia. Ks. dr hab. Robert Nęcek omówił rolę środków społecznego przekazu w służbie miłosierdzia. Ostatni prelegent, abp. Rino Fisichella, w wystąpieniu pt. To jest czas miłosierdzia, przedstawił temat miłosierdzia w perspektywie teologicznej odwołując się m.in. do myśli Jana Pawła II, po czym nastąpiła dyskusja dotycząca prezentowanych tematów.
Drugą część konferencji stanowił panel dyskusyjny, w którym wzięli udział przedstawiciele kościelnych i świeckich organizacji dobroczynnych i humanitarnych, w tym prezes polskiej akcji humanitarnej Janina Ochojska.
Dni Jana Pawła II obchodzone są od 2006 r. w Krakowie Ich tegoroczna edycja odbyła się w dniach 7-9 listopada i obejmowała konferencje, sesje naukowe, a także wydarzenia artystyczno-kulturalne.