Tegoroczna edycja akcji Global City Sampling Day (gCSD) odbędzie się po raz kolejny już w najbliższy wtorek 21 czerwca. Próbki mikrobiologiczne zbierane będą w miastach na całym świecie, także w Krakowie, dzięki naukowcom z Małopolskiego Centrum Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego (MCB UJ) i wsparciu Urzędu Miasta Krakowa oraz jednostek samorządowych.
Global City Sampling Day to zsynchronizowana ogólnoświatowa akcja międzynarodowego konsorcjum MetaSUB (The Metagenomics and Metadesign of the Subways and Urban Biomes) z siedzibą w Nowym Jorku, która odbywa się co roku 21 czerwca. W środkach komunikacji na całym świecie członkowie MetaSUB, a także przeszkoleni wolontariusze, zbierają z powierzchni w metrze, tramwajach, autobusach, na lotniskach i innych miejscach publicznych wymazy i próbki powietrza. Zebrany materiał zostanie przekazany do nowojorskiej bazy gCSD prowadzonej przez prof. Christophera Masona, założyciela The MetaSUB Consortium. Próbki zostaną następnie poddane sekwencjonowaniu i analizie w celu opracowania genetycznej i epigenetycznej mapy identyfikującej gatunki mikroorganizmów zamieszkujących każde z uczestniczących miast, zwaną mikrobiomem.
Inicjatorem i koordynatorem krakowskich edycji akcji jest dr hab. inż. Paweł Łabaj, lider Grupy Badawczej Bioinformatyki w MCB UJ, a zarazem współzałożyciel stowarzyszenia MetaSUB Europe.
Według danych MetaSUB Consortium większość ludności świata (około 54 proc. populacji) mieszka obecnie w miastach. Konsorcjum buduje profile molekularne metropolii na całym świecie, skupiając się na systemach transportu publicznego, które są przestrzenią zintensyfikowanych interakcji ludzi. Dynamika mikrobiomów i metagenomów na powierzchniach wspólnego użytku, uchwytach, poręczach, siedzeniach czy biletomatach i interakcje z tymi powierzchniami mogą wpływać na zdrowie jednostek i kondycję całych ekosystemów i populacji miejskich. Cały projekt ma potencjalnie duże znaczenie nie tylko w kontekście bezpieczeństwa transportu zbiorowego, ale przede wszystkim dla zrównoważonego rozwoju, bezpieczeństwa, ochrony i planowania przyszłości miast.
Publikacja MetaSUB "A global metagenomic map of urban microbiomes and antimicrobial resistance" została wyróżniona wśród najlepszych publikacji prestiżowego wydawnictwa naukowego Cell Press za rok 2021. Artykuł, którego współautorem jest dr hab. Inż. Paweł Łabaj, przedstawia wyniki analizy prawie 5 tys. próbek z 60 miast z całego świata z pierwszych lat działania konsorcjum.
Projekt nie byłby możliwy bez czynnej współpracy z przedstawicielami samorządów i przedsiębiorstw - Wydziałem ds. Przedsiębiorczości i Innowacji Urzędu Miasta Krakowa, Zarządem Transportu Publicznego w Krakowie i Miejskim Przedsiębiorstwem Komunikacyjnym w Krakowie.
