29 listopada 1578 r. król Stefan Batory zawitał na Uniwersytet Krakowski, wysłuchał dysputy teologicznej w Collegium Maius i zwiedził jej bibliotekę. Uczoność mistrzów, wspaniałość księgozbioru i instrumentów matematycznych wzbudziły podziw króla. Zaowocowało to nadaniem uniwersytetowi prepozytury w kolegiacie św. Floriana.
Stefana Batorego kojarzymy zwykle jako wybitnego wodza, tymczasem był on także człowiekiem o wysokiej kulturze humanistycznej. Studiował krótko na uniwersytecie w Padwie, znał świetnie łacinę, niemiecki i włoski, był znawcą historii. Interesował się edukacją i pragnął jej reform. Niejako w odpowiedzi na oczekiwania monarchy uniwersytet przeprowadził w 1579 r. reformę Wydziału Filozoficznego wprowadzając nowe podręczniki i lektury humanistyczne. W widoczny sposób wizyta na uczelni na krótko zbliżyła do siebie króla i krakowskich profesorów. Początkowo uniwersytet był wstrzemięźliwie nastawiony do Batorego. Jego kandydaturę na tron polski poparł tylko ze względu na Annę Jagiellonkę i przywiązanie do dynastii fundatorów.
Co prawda w 1576 r. Batory będąc w Krakowie odwiedził Collegium Maius, ale był to gest kurtuazyjny. Zaraz potem, w latach 1577-1578, król wraz z Janem Zamoyskim układał tajne plany założenia w Krakowie konkurencyjnej humanistycznej uczelni wyższej - Kolegium Królewskiego, na wzór paryskiego Collège Royale. Przedsięwzięcie to się nie powiodło. Także zbliżenie z Uniwersytetem Krakowskim okazało się nietrwałe. Król nadzieję na reformę i rozwój edukacji pokładał w zakonie jezuitów. Wyrazem tego było założenie jezuickiego Uniwersytetu Wileńskiego w 1578 r. - drugiej po Krakowie wyższej uczelni w Rzeczypospolitej - oraz ulokowanie jezuitów przy parafii św. Szczepana w Krakowie, gdzie chcieli rozwijać swoją akcję szkolną. Tymczasem krakowska profesura widziała w zakonie groźnego konkurenta. Panowanie Batorego w symboliczny sposób otworzyło w dziejach Uniwersytetu Krakowskiego niezwykle burzliwą epokę zmagań z jezuitami o pozycję w szkolnictwie.
