Jednostki pozawydziałowe
- Archiwum UJ
- Biblioteka Jagiellońska
- Biblioteka Medyczna UJ CM
- Narodowe Centrum Promieniowania Synchrotronowego "Solaris"
- Jagiellońskie Centrum Rozwoju Leków
- Małopolskie Centrum Biotechnologii
- Muzeum UJ
- Studium Pedagogiczne
- Jagielloński Uniwersytet Trzeciego Wieku
- Centrum Edukacji Przyrodniczej UJ
- Centrum Kopernika Badań Interdyscyplinarnych
- Centrum Medycyny Cyfrowej i Robotyki UJ CM
- Jagiellońskie Centrum Humanistyki Cyfrowej
- Ośrodek Doskonalenia Dydaktycznego Ars Docendi
Jednostki międzywydziałowe
- Jagiellońskie Centrum Językowe
- Medyczne Centrum Kształcenia Podyplomowego Collegium Medicum
- Studium Wychowania Fizycznego i Sportu UJ
- Studium Wychowania Fizycznego i Sportu UJ CM
- Centrum Badań Ilościowych nad Polityką
- Jagiellońskie Centrum Studiów Migracyjnych
- Centrum Językowe UJ CM
- Biblioteka Nauk Przyrodniczych UJ
- Polski Ośrodek Naukowy UJ w Londynie
- Jagiellońskie Centrum Badań Afrykanistycznych
- Jagiellońskie Centrum Interdyscyplinarnych Badań nad Kulturą
- Jagiellońskie Centrum Badawcze "Prawo – Język – Filozofia"
- Centrum Innowacyjnej Edukacji Medycznej Collegium Medicum
- Centrum Badań Mózgu
Jednostki pomocnicze
- Rolniczy Zakład Doświadczalny UJ "Łazy"
- Wydawnictwo Uniwersytetu Jagiellońskiego
- Biobank Uniwersytetu Jagiellońskiego – Collegium Medicum