Muzeum Anatomopatologiczne Wydziału Lekarskiego znajduje się w dwóch pomieszczeniach poprzedzonych obszernym przedsionkiem, w przyziemiu Katedry Patomorfologii Collegium Medicum UJ przy ulicy Grzegórzeckiej 16. W przeszklonych gablotach zgromadzono z wielką starannością cenne preparaty patomorfologiczne, które stanowią istotne źródło poznania historii rozwoju nauk medycznych w Krakowie.

Początków tej okazałej kolekcji, należy szukać w początkach wieku XIX, na co wskazuje wykaz zbioru anatomopatologicznego sporządzony przy okazji prac inwentarzowych prowadzonych w gabinecie anatomicznym w 1816 roku. Szybki wzrost kolekcji należy przypisać działalności prof. Macieja Józefa Brodowicza, który nakazał wykonywać i przechowywać konserwowane w wosku preparaty sekcyjne.