W ogłaszanym co roku przez Fundację Edukacyjną „Perspektywy" rankingu od lat o pierwsze miejsce walczą z równym powodzeniem Uniwersytet Jagielloński i Uniwersytet Warszawski. Po ubiegłorocznym, historycznym remisie (obie uczelnie zajęły ex aequo 1. miejsce), w obecnej edycji zestawienia UJ nieznacznie ustąpił warszawskiej uczelni i ze wskaźnikiem 98,2 proc. zajął drugie miejsce w Rankingu Uczelni Akademickich 2016.
Przewaga UJ i UW nad resztą szkół jest zdecydowana – kolejna uczelnia, UAM w Poznaniu, zdobył 82,3 %.
Ranking Uczelni Akademickich 2016 objął 90 szkół wyższych w kraju.
Jak wynika z ogłoszonego rankingu oceniającego uczelnie wedle głównych grup kryteriów (rankingi w grupach kryteriów), Uniwersytet Jagielloński jest uczelnią o najwyższym potencjale naukowym w kraju oraz cieszy się najwyższym prestiżem wśród kadry akademickiej.
Najlepszą uczelnią medyczną w Polsce po raz kolejny okazał się Uniwersytet Jagielloński Collegium Medicum (pierwsze miejsce w rankingu wg typów szkół wyższych).
W Rankingu Kierunków Studiów UJ jest na pierwszej pozycji aż w 12 rankingach, w zakresach:
- pedagogika (Wydział Filozoficzny),
- prawo (Wydział Prawa i Administracji),
- psychologia (Wydział Zarządzania i Komunikacji Społecznej),
- farmacja (Wydział Farmaceutyczny CM), ex-equo z WUM,
- kierunek lekarski (Wydział Lekarski CM), ex-equo z WUM,
- ochrona zdrowia (Wydział Nauk o Zdrowiu CM),
- biotechnologia (Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii),
- ochrona środowiska (Wydział Chemii),
- filologia polska (Wydział Polonistyki),
- filozofa (Wydział Filozoficzny),
- historia i archeologia (Wydział Historyczny),
- kulturoznawstwo oraz wiedza o krajach i regionach (Wydział Historyczny).
W rankingu oceniono 315 uczelni i 47 kierunków studiów. Nad prawidłowością i rzetelnością procedur sporządzania rankingu czuwała Kapituła składająca się z reprezentantów znaczących środowisk akademickich i zatrudniających absolwentów uczelni. Rolą Kapituły jest ustalanie metodologii rankingu, nadzór nad procedurą jego przeprowadzania oraz zatwierdzenie i ogłoszenie wyników. Kapituła pracowała pod przewodnictwem prof. Michała Kleibera, b. prezesa Polskiej Akademii Nauk, b. ministra nauki i informatyzacji.
Ogłoszenie wyników i wręczenie dyplomów odbyło się 8 czerwca w Centralnej Bibliotece Rolniczej w Warszawie. Uniwersytet Jagielloński na uroczystości reprezentowany był przez prof. Stanisława Kistryna, prorektora UJ ds. badań naukowych i funduszy strukturalnych.
