Przygotowania do inauguracji nowego roku akademickiego 1939/40 rozpoczęte 19 X 1939 r. uchwałą Senatu Akademickiego o otwarciu wpisów „w poczuciu swego obowiązku wobec narodu i młodzieży”, cytując wspomnienia Jana Gwiazdomorskiego, zostały zakończone 6 XI 1939 r. wykładem Brunona Müllera o stosunku państwa niemieckiego do nauki na okupowanych ziemiach polskich.
Sonderaktion Krakau – ten straszliwy cios w Uniwersytet został wymierzony świadomie i celowo, jak zapisał Tadeusz Lehr-Spławiński. Wydarzenia Sonderaktion Krakau były dla profesorów krakowskich, wychowanych przecież w dużej części w czasach zaborów, znających język i kulturę niemiecką, nie tylko dramatyczne – jakże inaczej może być podczas wojny; były także ogromnym szokiem. Po zakończeniu działań wojennych Senat Akademicki 16 III 1945 r. na podstawie referatu Władysława Szafera uchwalił, iż okres 1939/40–1944 nie stanowi luki w pracy UJ i należy je traktować jako pełne, prawidłowo odbyte, lata akademickie. Oddając w najbliższych dniach hołd aresztowanym i pomordowanym profesorom i pracownikom UJ pamiętajmy, że jesień 1939 r. była czasem – jak na warunki – wojenne w miarę normalnego działania uczelni. W dniach października i początku listopada w salach Collegium Novum gromadzili się studenci pragnący uzyskać zaliczenie roku akademickiego 1938/39, zdać kolejny egzamin – zachowały sie protokoły z tychże egzaminów – czy dokonać wpisu na rok akademicki 1939/40. Poniżej dwie karty wpisu. Pierwsza Andrzeja Miączyńskiego, późniejszego profesora postępowania cywilnego UJ oraz Karola Wojtyły, który jako papież przyjął imię Jana Pawła II. Obaj wpisali się na – pierwszy Wydział Prawa, a drugi na Filozoficzny – 2 listopada 1939 r.
