Collegium Maius jest najstarszym budynkiem uniwersyteckim w Polsce. Jego historia sięga roku 1400, kiedy król Władysław Jagiełło przekazał Uniwersytetowi kamienicę zakupioną od ławnika krakowskiego Piotra Gerhardsdorfa (Gersdorfa).

Muzeum Farmacji Uniwersytetu Jagiellońskiego, założone w Krakowie w 1946 roku, jest największym w Polsce i jednym z nielicznych na świecie muzeów tego typu.

Muzeum Ogrodu Botanicznego UJ i Pracownia Historii Botaniki im. J. Dyakowskiej jest najstarszą polską kolekcją botaniczną o charakterze muzealnym, związaną ściśle z działalnością naukową i dydaktyczną Uniwersytetu Jagiellońskiego.

Centrum Edukacji Przyrodniczej w Krakowie jest pozawydziałową jednostką Uniwersytetu Jagiellońskiego mieszczącą się w obrębie III Kampusu UJ przy ulicy Gronostajowej 5. W Centrum zdeponowane zostały zbiory przyrodnicze, które uprzednio znajdowały się w jednostkach uniwersyteckich znajdujących się w różnych częściach Krakowa, takich jak Muzeum Zoologiczne, Muzeum Geologiczne, Zakład Antropologii Instytutu Zoologii oraz Instytut Botaniki.

Obecnie, w Muzeum Anatomii Collegium Medicum składającym się z trzech sal znajduje się 2077 preparatów.

Początków okazałej kolekcji tego muzeum, należy szukać w początkach wieku XIX, na co wskazuje wykaz zbioru anatomopatologicznego sporządzony przy okazji prac inwentarzowych prowadzonych w gabinecie anatomicznym w 1816 roku.