Utrwalony niezwykle głęboko w tradycji Almae Matris Jagellonicae zwyczaj wyróżniania doktoratem honorowym sięga swymi początkami drugiego dziesięciolecia XIX wieku.

Dewiza "Plus ratio quam vis" (łac. "Więcej znaczy rozum, niż siła") jest zgodnie ze Statutem UJ myślą przyświecającą całokształtowi działalności naszej Uczelni.

Medal przyznaje się z tytułu szczególnych zasług dla UJ. Medal może być przyznany osobie, organizacji lub instytucji zarówno z kraju, jak i z zagranicy.

Tytuł Profesora Honorowego nadaje Senat Uniwersytetu Jagiellońskiego na wniosek Rektora, po zasięgnięciu opinii Konwentu Godności Honorowych.

Nagroda Rektora "Laur Jagielloński" przyznawana jest z okazji święta Uniwersytetu Jagiellońskiego za wybitne osiągnięcia naukowe dokonane w ciągu 5 ostatnich lat.

Osoba wyjątkowo zasłużona dla Uniwersytetu Jagiellońskiego może otrzymać Odznakę "Zasłużony dla Uniwersytetu Jagiellońskiego". Odznakę tę przyznaje Senat na wniosek Rektora.

Uroczystego odnowienia doktoratu może dostąpić doktor Uniwersytetu, który wyróżnił się w pracy dla Uniwersytetu lub społeczeństwa. Odnowienie doktoratu następuje po upływie pięćdziesięciu lat od daty nadania stopnia doktora.

Nagroda "Pro Arte Docendi" indywidualna bądź zespołowa, przyznawana jest z okazji inauguracji roku akademickiego w Uniwersytecie Jagiellońskim. Nagrodę przyznaje się wybitnym nauczycielom akademickim zatrudnionym w UJ za wysoką jakość pracy dydaktycznej.

Nagroda Rektora UJ im. Hugona Kołłataja, indywidualna bądź zespołowa, przyznawana jest z okazji Dnia Komisji Edukacji Narodowej za wkład w popularyzację wiedzy w środowiskach szkolnych, za intensywną i owocną współpracę ze szkołami średnimi na rzecz rozbudzania aspiracji edukacyjnych.

Ma na celu promocję wartości uniwersalnych we współczesnej cywilizacji, takich jak niezbywalna godność osoby ludzkiej, prawda, dobro czy piękno.

Nagroda jest przeznaczona dla młodych pracowników i absolwentów studiów doktoranckich UJ za wyróżniającą się pracę doktorską i habilitacyjną związaną z poszukiwaniem nowych leków.